Organisering
Frå 1639 har skolen truleg hatt 5 klassar, eller «lectier». Det var ein "høyrar" eller lærar i kvar av dei fire lågaste lectiane. Øvste lectie, eller «meisterlectien», hadde rektor ansvaret for. Undervisninga i dei fire lågaste lectiane vart halden i eitt rom, medan meisterlectien hadde eit rom for seg sjølv.
Elevane gjekk normalt to år i kvar klasse, og i meisterlectien gjekk dei gjerne i tre år. Elevane kunne difor vere 20 år eller meir før dei vart skrivne ut frå skolen eller "dimiterede" til universitetet i København.
På slutten av 1700-talet var det ikkje vanleg at elevane gjekk så lenge på skolen før dei vart dimitterte. Det kan ha samanheng med at det frå 1739 vart stilt krav om at elevane skulle kunne lese og skrive før dei begynte på Latinskolen. Tidlegare hadde skolen hatt ein eigen "sinkelectie" som skulle gi elevane dei nødvendige skrive- og leseferdigheitene. Frå 1756 måtte elevane også ha forkunnskapar i latin, noko ein berre kunne skaffe seg gjennom privatundervisning.
Heilt frå skolen vart oppretta, truleg i 1153, hadde han vore ein førebuingsskole for dei som ville reise til universitetet for å bli prest. Dei gamle språka som latin, gresk og hebraisk var difor sentrale i undervisninga. Etter eit lovbod av 1775, skulle elevane verte prøvde i religion, dei gamle språka, historie, geografi og astronomi. Dessutan fekk morsmålet større plass i undervisninga.
Frå 1739 vart eksamen offentleg. Straks etter St. Hans vart stiftamtmannen, biskopen, prestar og medlemmar av magistraten inviterte til å vere til stades under eksamen. Elevane vart eksaminerte i munnlege fag, og dei måtte skrive ein stil på latin, der biskopen valde emnet. Ved den munnlege eksamen kunne alle dei innbodne stille spørsmål til eksaminanden, og dei fremste av gjestane bestemte kva eleven skulle verte eksaminert i.
Dei elevane som stod til eksamen og som ville studere vidare ved universitetet, måtte om hausten melde seg opp til examen artium ved universitetet i København. Men frå 1796 kunne elevane ta denne eksamenen ved katedralskolane. Truleg var det som følge av dette at eksamen ved skolen vart halden tidlegare enn det som var regelen frå 1739.
Seminarium Fridericianum
Ikkje alle var tilfredse med undervisninga ved Latinskolen. Særleg biskop Erik Pontoppidan meinte at fagtilbodet ved skolen ikkje tilfredsstilte krava i tida. Han meinte at elevane også måtte bli underviste i nyttige fag, og tok initiativet til å opprette ein nye skole som vart kalla Seminarium Fridericianum. Ideen fekk etterkvart støtte frå fleire, og i løpet av tolv år fekk skolen 3100 riksdalar, særleg frå personar som på den måten ønska å få embete av kongen. Jusstudenten Melchior Falck gav t.d. 800 riskdalar for å verte sorenskrivar på Sunnmøre, medan F.A. de Fine gav 1.000 riksdalar for å verte viseborgarmeister i Bergen.
For pengane som kom inn, vart det bygd eit eige skolehus, det som i dag vert kalla Barneasylet og husar ein barnehage. Seminaret skulle vere opent for dei elevane ved Katedralskolen som kom utanfrå byen. Tolv elevar skulle takast opp, og desse skulle verte innlosjerte på skolen. Ved Seminaret skulle det verte undervist i moralfilosofi, matematikk og fysikk, fransk og tysk og litteraturhistorie. Lærarane ved Katedralskolen skulle også undervise ved Seminaret. Dette undervisningstilbodet var eineståande i Danmark-Noreg, men vart ingen suksess. Etter få år var det berre fire-fem elevar igjen, og i 1808 var det ingen. I 1812 vart bygninga selt til ein nyoppretta realskole.
Skolekvardagen
Skolen var langt strengare i hundreårskiftet 1700-1800 enn han er i dag. I følge alminnelege reglar som gjaldt for skolen, skulle elevane møte til rett tid, vaska og kjemma, med reine sko og sømeleg kledde. Elevane i dei øvste klassane skulle kle seg i svart.
Når høyraren kom inn i klasserommet, måtte elevane reise seg; det same gjaldt når han gjekk ut. Vi veit ikkje så myke om undervisningsmetodar, men prylestraff var nok ikkje uvanleg for å få elevane til å gjere arbeidet sitt. Det elevane leste, måtte dei som regel lære utanboks. Elles vart elevane oppmuntra til flid ved å gi dei håp om å verte "forfremma" i klassen. Elevane vart nemleg rangerte på grunnlag av prøver som vart haldne kvar fjortande dag. Lyder Sagen skal t.d. ha kalla elevane sine "primus" (nummer éin) og "secundus" (nummer to).
Lærarar ved skolen
Rektor Fredrik Christian Holberg Arentz var ein høgt respektert vitskapsmann i si samtid. Han studerte ved universitetet i København og i Leyden. Ein gong i 1750-åra ville kong Fredrik V ha han med på ein ekspedisjon til Østen som fysikar. Av ukjente årsaker vart ikkje Arentz med, noko han sikkert priste seg lykkeleg over seinare. Etter seks år var det berre éin av deltakarane i ekspedisjonen som vende tilbake i live. Frå 1760 verka Arentz som skolemann og vitskapsmann i Bergen i 65 år. Han vart rekna som ein særs dyktig lærar både i latin, matematikk og astronomi. Klaus Lydersen Fasting vart rekna som ein byoriginal i Bergen og gjekk under namnet "Sjegle-Fasting". Han vart høyrar ved skolen i 1778, men gjekk seinare over i stillinga som klokkar ved Domkyrkja. I følge ein av hans samtidige, oppnådde han sjeldan respekt hos elevane, noko som kunne skuldast at han var plaga av krampetrekkingar i andletet. Desse rykkingane gjorde at han blunka med augo og ofte gjekk med utstrekt tunge og slikka seg om munnen.
Lyder Sagen er kanskje den mest kjende skolemannen i denne perioden. Han vart tilsett i 1806 og gjekk av i 1850, 73 år gamal. Han var mest kjent som "morsmålslærar", og han var særleg opptatt av "den skjønne form", som skulle kome til uttrykk i både skriftlege og munnlege prestasjonar. Når elevane leste høgt, skulle dei følge den tredoble regelen: "lydelig, tydelig og prydelig". Sagen var ein talsmann for klassisismen i Noreg, men heldt likevel fast ved det breie bergenske talemålet sitt. Det vart sagt at han i studietida i København hadde reagert på norske studentar som la dialekten frå seg og begynte å snakke "dannet". Den mest kjende eleven til Sagen var Johan S. Welhaven.
Skolereforma av 1806
Reforma i 1806 vert rekna som den viktigaste sidan reformasjonen. Skolen skulle ikkje lengre berre vere ein latinsk presteskole, men også førebu elevane til ei utdanning til embetsmann. Dermed vart banda mellom skolen og kyrkja brotne. Dette fekk følger både for fagtilbodet og inntektene til skolen. I tillegg til dei klassiske språka, skulle elevane no få meir undervisning i munnleg og skriftleg morsmål, fransk, tysk matematikk, naturhistorie og teikning. Tidlegare hadde elevane hatt fri skolegang. Skolen skaffa seg inntekter frå eigedomar, og ved at elevane sang i kyrkjene til grevferder eller bryllaup. Offisielt vart det no slutt på songoppgåvene, eller «sognegangen», til elevane, og skolen vart "betalingsskole". Dermed vart skolen i større grad enn tidlegare ein skole for "den dannede klassen". Det vart også stilt større krav til lærarane, som ikkje lengre skulle heite "høyrarar", men "overlærar" eller "adjunkt". Frå no av skulle dei vere faglærarar. Det var også eit krav at kvar klasse no skulle ha sitt eige rom, og difor vart det store rommet der elevane frå fyrste til fjerde lectie hadde fått undervisning no delt opp i fire rom.